Quand des microbes tuent leurs voisins en réveillant des virus zombies qui les dévorent de l’intérieur

Comme si on n’avait pas suffisamment de problèmes comme ça, voilà que des bactéries intestinales ont un terrifiant pouvoir –celui de ramener à la vie des virus cachés. Un réveil susceptible de causer de bonnes vieilles infections, mais aussi des cancers.

On en sait désormais davantage sur le mode opératoire de la colibactine, une toxine bactérienne notamment impliquée dans les infections urinaires récidivantes et le cancer du côlon.

On savait depuis 2006, et sa découverte par des chercheurs de l‘INRA de Toulouse, de l’Institut Pasteur à Paris et des universités allemandes de Würzburg et de Göttingen, qu’une toxine, la colibactine, était produite par les fameuses E. coli (qu’elles soient commensales ou pathogènes) présentes dans nos intestins et avait comme désagréable habitude de s’engouffrer dans nos cellules pour en casser l’ADN et ainsi augmenter la fréquence de mutations délétères pour notre santé. Sauf que, jusqu’à présent, cette toxine s’était révélée pour le moins insaisissable, tant et si bien que les scientifiques l’avaient qualifiée de « matière noire chimique », en analogie avec les fameuses particules hypothétiques composant notre Univers, et que son rôle précis dans la survenue de maladies demeurait un tantinet obscur.

Publiée le 23 février, une étude éclaire un peu mieux la chose. Menée par l’équipe d’Emily Baksus, biochimiste affiliée à Harvard, elle montre comment la colibactine, contrairement à d’autres toxines bactériennes présentes dans notre microbiote, ne tue pas directement les microbes voisins qui la dérangent, mais va modifier leurs cellules en activant des virus latents –et mortels– endormis dans leur génome.

Plus qu’une arme mortelle

Au début de leurs travaux, les scientifiques avaient constaté qu’exposer des bactéries productrices de colibactine à d’autres qui n’en secrétaient pas ne faisait pas grand-chose, ce qui laissait entendre que, par elle-même, cette grosse molécule n’était pas particulièrement méchante. Ils ont donc présumé qu’une tierce partie –des virus infectant les bactéries– devait jouer un rôle. De tels virus peuvent effectivement se glisser sournoisement dans l’ADN des bactéries et rester tranquillement à l’affût. Sauf qu’une fois activés, ils provoquent une infection qui fait littéralement exploser la cellule.

Et quand les chercheurs se sont mis à cultiver des bactéries productrices de colibactine avec des bactéries porteuses de ces virus latents, bingo, ils allaient constater que le nombre de particules virales explosait –cette fois-ci, au sens figuré– et que la croissance des bactéries abritant les virus chutait. Ce qui leur a indiqué que la molécule avait réussi à déclencher une poussée infectieuse. Il ne restait donc plus qu’à démontrer que la colibactine pénétrait effectivement dans les bactéries pour endommager leur ADN… et que ces dégâts font office de sonnerie de réveil pour les virus endormis.

Si la dangerosité de la colibactine saute aux yeux, selon Balskus, elle n’est pas qu’une arme mortelle. Par exemple, les dégâts cellulaires et le réveil viral sont susceptibles de générer des modifications génétiques favorables aux bactéries qui la produisent… pour garantir d’autant mieux sa conquête du monde microscopique qui tapisse nos intestins.